現在、PokéRogueには4つのゲームモードが用意されています。
2つのエンドレスモードは他のゲームモードをクリアすることでアンロックできます。
クラシックモード
新しいゲームを開始すると、スターター選択画面が表示され、冒険に連れていくスターターポケモンを選択できます。持ち込めるスターターコストの合計は最大10です。クラシックモードでは、唯一マップのアイテムが出現します。
クラシックモードのポケモンにはレベルキャップがあります。ウェーブを10回完了するごとに、レベルキャップが増加します。レベルキャップを回避するには、レアキャンディーを使用する必要があります。
ウェーブ 0-10: レベル 10
ウェーブ 11-20: レベル 16
ウェーブ 21-30: レベル 24
ウェーブ 31-40: レベル 32
ウェーブ 41-50: レベル 38
ウェーブ 51-60: レベル 48
ウェーブ 61-70: レベル 56
ウェーブ 71-80: レベル 64
ウェーブ 81-90: レベル 74
ウェーブ 91-100: レベル 84
ウェーブ 101-110: レベル 94
ウェーブ 111-120: レベル 104
ウェーブ 121-130: レベル 114
ウェーブ 131-140: レベル 126
ウェーブ 141-150: レベル 138
ウェーブ 151-160: レベル 150
ウェーブ 161-170: レベル 162
ウェーブ 171-180: レベル 174
ウェーブ 181-190: レベル 188
ウェーブ 191-200: レベル 200
バイオーム
10ウェーブごとに、バイオームが変化します
バイオームが変わるたびに、すべてのポケモンの体力とステータス変化が回復します。マップがあると、現在のバイオームから移動可能なバイオームの中から次に進むバイオームを選択できます。
ジムリーダーとトレーナー
ジムリーダーがどのウェーブに出現するかはランダムです。ウェーブ20または30では50%の確率で最初のジムリーダーが出現します。その後、ジムリーダーは最初のジムバトルの後、30ウェーブごとに出現します。
エリート4とチャンピオンは、ほとんどの場合、同じ地域の出身です。ウェーブ182、184、186、188でエリート4と対決し、ウェーブ190でチャンピオンと戦います。
バイオームのページから出現するリーダーやポケモンを確認することができます。
ライバルの戦い
ライバルは8、25、55、95、145、195ウェーブで出現します。1回目と2回目のライバルとの対戦では、倒すとがくしゅうそうちが与えられます。
ライバルはランダムにスターターを選び、プレイヤーと戦うたびに1匹のポケモンを獲得します。（最初はポッポ、ホーホー、ムックル、マメパト、ヤヤコマ、ツツケラ、ココガラ、カイデンからランダムに1匹を選びます。）
3匹目のポケモンは、BST（合計種族値）が450以上あるポケモンの進化で、伝説、神話、Az フラエッテ、ガチグマ (アカツキ)ではありません。
4番目のポケモンは、最後の戦いでメガ進化するエピックの色違いレックウザになります。
5番目と6番目のポケモンは、タイプが重複しない合計種族値540以上の最終進化ポケモンが出現します。
ボスポケモン
10ウェーブごとに、ジムリーダーが出現しない場合、ボスポケモンが出現します。これらのポケモンはシールドを持ち、気絶しにくくなっています。ボスポケモンは、体力バーが最後のセグメントになるまで捕まえることができません。
バイオームのページから出現するリーダーやポケモンを確認することができます。
エンドバイオーム
ウェーブ191~200はエンドバイオームに移動します。このバイオームでは、パラドックスポケモンが全てのウェーブで出現します。エンドバイオームのポケモンは、事前に孵化させないと捕まえることができません。
ラスボス
ウェーブ200では、クラシックモードの最後のボスであるムゲンダイナと対決します。プレイヤーが使うポケモンがレベル200を超えると、ムゲンダイナがこちらに与えるダメージが2倍になります。
技はムゲンダイビーム、ヘドロばくだん、りゅうのまい、コスモパワーです。ムゲンダイナのシールドが最後になると、ムゲンダイマックスして体力をフルに回復します。
ムゲンダイマックス後は、戦闘はダブルバトルに移行します。ムゲンダイナは元の4つの技に加えて、ダイナマックスほう、クロスポイズン、火炎放射器、じこさいせいを獲得し、合計8つの技を利用します。
ムゲンダイナのロックを解除するための条件を満たし、最後のシールドまで体力を削ると、捕まえることができます。
勝利報酬
クラシックモードに勝利すると、パーティーのポケモンのスターターごとにリボンとタマゴバウチャープラスを1度だけ獲得できます。DNA融合されたポケモンを持つ場合、融合のプライマリ(1番目)のみがリボンとタマゴのバウチャープラスを受け取ります。
ポケモンが進化済みの場合、その以前の進化のリボンとタマゴバウチャーの両方を入手できます。そのスターターが勝利したチームではない場合、そのスターターから他の最終進化のための追加のリボンやエッグバウチャーを受け取ることはありません。
例：
1) マリルリで勝利すると、ルリリとマリルの両方のスターターにリボンとエッグバウチャーが手に入ります。
2)サワムラーで勝利すると、サワムラーとバルキーの両方のスターターにリボンと卵バウチャーがもらえますが、エビワラーはもらえません。
